【新冠专栏】Omicron重组毒株及新变体频出，谁是更强的免疫逃逸大师？

2022年3月，新冠病毒重组毒株"Deltacron"（XD）被证实的消息出现在各大新闻。世卫组织认为，新冠病毒进化以及出现包括重组毒株在内的新变异毒株的风险依然很高。而事实也证明确实如此，自XD被发现以来，XE、XL等各种重组株如雨后春笋般出现。截至目前，公共数据库Pangolin已收录从XA到XW共23种重组株。研究人员也表示，重组变体其实并不罕见，当机体同时感染2种或2种以上的新冠变种时，就可能产生重组变体。但绝大多数的重组变体会很快消亡，留存下来的，一般都是具有毒力和传播优势的毒株。

由于大部分重组株的断裂位点位于ORF区，不影响病毒Spike和Nucleocapsid等结构蛋白区域，故而此类病毒株的结构蛋白和重组来源的毒株完全一致，一般不会对病毒的识别和抗体结合产生影响。然而，由于ORF区的NSP蛋白在病毒感染过程中发挥功能，该位置的重组可能影响病毒的传播能力。

新冠病毒Omicron变种自2021年底出现以来以惊人的速度传播和变异，第一代OmicronB.1.1.529（BA.1）在短短几周内就在全球多个国家取代Delta占据主导地位，随后又被下一个子变种BA.1.1所取代。2022年3月，BA.2亚型开始在亚洲和欧洲的部分地区迅速传播并被认为相比于BA.1具有更强的传染性且对现有单克隆抗体治疗发生逃逸。同一时间还有另一个Omicron亚型BA.3在南非被检测到，但并未在世界范围内造成过多的感染病例。

相关阅读：细说Omicron亚型：BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3

2022年4月，又一新Omicron亚型BA.2.12.1感染病例数在全美范围内呈爆炸性增长。美国疾控中心估计，截至5月初，BA.2.12.1病例占全美国感染人数的43%，远高于2月初出现在美国疾控中心的变体跟踪系统上0.2%的感染比例。对新变异特征的研究也表明BA.2.12.1可能具有更强的传染性，比先前占主导地位的BA.2具有大约23%~27%的传播优势。另一个BA.2子谱系BA.2.13在比利时、德国、丹麦等欧洲国家传播，造成约700人感染。

自新冠病毒爆发以来，南非地区接连爆发新突变。继第二波Beta、第三波Delta、第四波Omicron之后，南非或将迎来第五轮疫情高峰。世界卫生组织于11日表示，2022年1月开始爆发于南非的Omicron病毒亚型变异株BA.4和BA.5已分别扩散至十多个国家。截至今日，BA.4病毒已蔓延至少16个国家，累计病例超过1800起，BA.5则在至少17个国家被检出，累计1300逾病例。

北京大学谢晓亮团队于5月2日在bioRxiv发表了预印文章，对目前已发现的BA.2.12.1、BA.2.13、BA.4和BA.5突变株进行了研究。结果表明，上述新发现变异毒株都包含L452突变，并显示出比BA.2更高的潜在传播能力。与BA.1和BA.3相比，BA.2亚谱系中因缺乏G496S突变增加了它们与ACE2受体的结合能力；而F486V的引入和Q493R的缺失则可能导致疏水和亲水相互作用减少，从而使得BA.4和BA.5的结合活性显著降低。

Omicron各谱系突变位点情况

此外，与BA.2相比，BA.2.12.1和BA.4/BA.5对接种3剂疫苗接种者的血浆表现出更强的中和逃避。通过进一步对逃避突变谱进行分析发现，L452突变出现在Omicron康复者诱导的免疫压力下。

ACROBiosystems紧密关注新冠疫情发展，第一时间研究开发了BA.2.12.1、BA.2.13、BA.4、BA.5等系列抗原蛋白，并开发有L452Q、L452M、L452R等热门突变，致力于加速针对相关变异毒株及现有疫苗、治疗性抗体及诊断试剂对其效果的研究，并在必要时迅速展开针对性新型疫苗及抗病毒药物研发。

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验证数据

经SDS-PAGE验证，BA.2.12.1Spike Trimer (Cat. No. SPN-C522d)纯度>95%，经MALS验证三聚体纯度90%。

Thepurity of SARS-CoV-2 Spike Trimer, His Tag (BA.2.12.1/Omicron) (Cat.No. SPN-C522d)is more than 95%verifiedby SDS-PAGE and 90% verified by SEC-MALS. The molecular weight ofthis protein is around 510-560 kDa.

经ELISA验证，BA.2.12.1Spike Trimer (Cat. No. SPN-C522d)与广谱抗体(Cat.No. S1N-M122)及Omicron特异性抗体(Cat.No.SPD-M305)均能发生结合，线性范围分别为0.1-4ng/mL；1-31ng/mL。

Immobilized SARS-CoV-2 Spike Trimer, His Tag (BA.2.12.1/Omicron) (Cat. No.SPN-C522d)at 1 μg/mL (100 μL/well) can bind Anti-SARS-CoV-2 Spike RBDAntibody, Chimeric mAb, Human IgG1 (Cat. No.S1N-M122)with a linear range of 0.1-4 ng/mL (Routinely tested).

ImmobilizedSARS-CoV-2 Spike Trimer, His Tag (BA.2.12.1/Omicron) (Cat. No.SPN-C522d)at 1 μg/mL (100 μL/well) can bind Anti-SARS-CoV-2 Spike RBDAntibody, Mouse IgG1 (Omicron Specific) (Cat. No. SPD-M305)with a linear range of 1-31 ng/mL (Routinely tested).

参考文献：

1.Chen, C. et al. CoV-Spectrum: analysis of globally shared SARS-CoV-2 data to identify and characterize new variants. Bioinformatics 38, 1735–1737, doi:10.1093/bioinformatics/btab856 (2021)

2.Yunlong Cao, Ayijiang Yisimayi, Fanchong Jian, et al. BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection. bioRxiv 2022.04.30.489997; https://doi.org/10.1101/2022.04.30.489997